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Il n’existe pas toujours de méthodes efficaces pour lutter contre les différents parasites (ex. : bactéries, nématodes) et la lutte repose souvent sur un ensemble de mesures préventives visant à éviter l’introduction des parasites ou leur dissémination à partir de foyers déclarés. Pour cela, il est nécessaire d’effectuer des contrôles sur le matériel végétal produit et introduit sur le territoire mais aussi sur les différents compartiments de l’environnement susceptibles d’héberger ces bio-agresseurs : eau, sol, adventices, boues, sous produits des industries,… Ce contrôle nécessite des outils de détection adaptés aux substrats testés et suffisamment sensibles.
- Les principaux points travaillés dans cette action pour le volet végétal sont :
- Détection du PVY sur les différents organes de la pomme de terre par l’outil PCR temps réel;
- Détection directe des nématodes à galles dans les plantes sans passer par une étape préalable d’isolement des individus.
- Sur les matrices plus complexes de type effluents d’usines agroalimentaires, boues, déchets verts, la mise au point de méthodes de détection des différents parasites (bactéries, champignons, nématodes) sera conduite :
- Soit en faisant appel aux propriétés biologiques des micro-organismes cibles (piégeage par des plantes hôtes, isolement sur milieux sélectifs,…) associées ou non à une caractérisation moléculaire,
- Soit en développant des méthodes robustes d’extraction de l’ADN directement à partir des matrices complexes.
 Extraction de nématodes par élutriation |  Isolement des bactéries pectinolytiques sur le milieu semi-sélectif CVP |
